โรงเรียนเพ็ญพิทยาคม เป็นโรงเรียนขนาดใหญ่ เปิดทำการเรียนการสอน 2 หลักสูตร คือ หลักสูตรแกนกลางการศึกษาขั้นพื้นฐานพุทธศักราช 2551 และหลักสูตรแกนกลางฯ พุทธศักราช 2551 + อาเซียน
ระดับชั้น | จำนวนห้องเรียน | หมายเหตุ |
มัธยมศึกษาปีที่ 1 | 9 | ไม่แยกแผนการเรียน |
มัธยมศึกษาปีที่ 2 | 9 | ไม่แยกแผนการเรียน |
มัธยมศึกษาปีที่ 3 | 9 | ไม่แยกแผนการเรียน |
มัธยมศึกษาปีที่ 4 | 7 | แผนการเรียนวิทย์ – คณิต 3 ห้องเรียน |
แผนการเรียนทั่วไป 4 ห้องเรียน | ||
มัธยมศึกษาปีที่ 5 | 6 | แผนการเรียนวิทย์ – คณิต 3 ห้องเรียน |
แผนการเรียนทั่วไป 3 ห้องเรียน | ||
มัธยมศึกษาปีที่ 6 | 6 | แผนการเรียนวิทย์ – คณิต 3 ห้องเรียน |
แผนการเรียนทั่วไป 3 ห้องเรียน |